Pupen je základem budoucího rostlinného orgánu. Vyrůstají z něj listy, květy, stonky nebo větve. Pupeny dřevin jsou většinou chráněny šupinami (Jírovec maďal), nebo mají polonahé pupeny, kdy šupiny chrání pupen jen z části (Černý bez) a u bylin bývají pupeny nahé (Kalina tušalaj)
Obsahují velice hodnotné látky, které se vyskytují pouze v pupenech. Mohou obsahovat hormony, minerály, stopové prvky, enzymy, vitamíny a další.
Dělení pupenů
-
Vrcholové (terminální) - postaveny na vrcholu lodyhy
-
Postranní (laterární) - rostou po stranách stonku
-
Úžlabní (axilární) - vyrůstají v úžlabí listů
-
Letní (bylinky)
-
Zimní ( jsou aktivní až za rok, kdy se vytvoří)
-
Spící (pupeny v úžlabí listů)
-
Nahé
-
Polonahé
-
Se šupinami
-
Vzestupně - nejstarší pupen v úžlabí, nejmladší směrem nahoru
-
Sestupné - nejmladší pupen v úžlabí, nejstarší směrem nahoru
-
Kolaterálně uspořádány vedle sebe